Nuo ko viskas prasidėjo
Po Pirmojo pasaulinio karo, Komaro dvaras buvo išparduotas, o rūmuose įsteigta vaikų prieglauda, iki Antrojo pasaulinio karo priklausiusi vienuolėms šaritėms. Vokiečių okupacijos metais Gelgaudiškio dvaro rūmuose buvo įsikūręs štabas, vėliau – karo ligoninė. Po karo iki 1961 metų čia buvo vaikų namai .
1966-08-15 įkurta pagalbinė mokykla - internatas. Direktorius - Kazys Marozas. Direktoriaus pavaduotoja - Leonora Žibutienė. Mokėsi 100 mokinių, dirbo 18 pedagogų.
1992-08-05 pagalbinė mokykla-internatas pervadintas į specialiąją internatinę mokyklą.
1994-09-01 direktore paskiriama Nijolė Janonytė. Direktorės pavaduotoja mokymui - Genė Žilinskienė. Direktorės pavaduotoja auklėjimui - Dalia Kasperavičienė. Mokėsi 117 mokinių, dirbo 39 pedagogai.
1994-09-01 atidaryta pirma globos grupė Šakių rajono beglobiams vaikams.
1995-09-02 atidaryta antra globos grupė.
1995-09-01 pradėjo veikti profesinio rengimo dvi grupės. Direktorė Genovaitė Marija Smagurauskienė. Direktorės pavaduotoja mokymui - Birutė Navikienė. Direktorės pavaduotoja auklėjimui - Dalia Kasperavičienė. Profesinio rengimo grupių pirmieji vadovai: Sidona Mikštienė ir Juozas Navikas.
Mokėsi 125 mokiniai, dirbo 39 pedagogai.
2000-09-01 uždarytos globos grupės.
2002-10-03 laimėjusi konkursą direktore tampa Birutė Navikienė. Direktorės pavaduotoja ugdymui - Genė Žilinskienė.
2005 metais pakeistas mokyklos pavadinimas į Gelgaudiškio specialioji mokykla.
2006 metų rugpjūčio mėnesį mokykla atšventė 40 metų jubiliejų.
2009 metų
rugsėjo 1 d. prasidėjo mokyklos šilumos ūkio renovacija.
2010 metų
birželio mėnesį išleista paskutinė 12 - profesinio rengimo aplinkotvarkos
specialybę baigusių mokinių grupė.

2011 metų rugpjūčio 26 d. mokykla paminėjo
savo 45 metų jubiliejų.
Kaip gyvename šiandien
2011 m.
rugsėjo mėnesio duomenimis mokykloje mokosi 63 mokiniai. Juos ugdo 23 pedagogai.
Sukomplektuoti 9 klasių komplektų. Mokykloje veikia valgykla, biblioteka, įkurta
kompiuterinių technologijų klasė, relaksacijos kabinetas. Dirba socialinis
pedagogas, visuomenės sveikatos priežiūros, gydomosios kūno kultūros
specialistai, psichologas. Geras susisiekimas ne tik su rajono centru, bet ir su
Vilniumi, Kaunu, Jurbarku. Gyvos ir gražios mokyklos tradicijos, puikūs
sportiniai pasiekimai. Moksleiviai aktyviai dalyvauja įvairiose parodose, konkursuose,
išvykose.
Mokykla dalyvavo '' Mokyklų tobulinimo
programos plius" projekte "Specialiųjų mokyklų
pertvarka, metodinių centrų steigimas" ir buvo atrinkta, kaip tinkama įstaiga,
kurioje mokysis emocijų ir elgesio sutrikimų turintys mokiniai. Savo
kompetencijas gilins pedagogai, praktinės patirties įgis studentai, konsultuosis
tėvai ir globėjai.
2012 m. kovo 19 d. pradėjo veikti
Gelgaudiškio specialiosios mokyklos padalinys - Neįgaliųjų dienos užimtumo
centras Šakių rajono žmonėms su negalia.

Kuriame bendradarbiaudami
Eilę metų mokyklos bendruomenė palaiko glaudžius ryšius su savo socialiniais
partneriais, tai Kazlų Rūdos, Smalininkų, Kybartų ,,Rasos", Kėdainių, Simno
specialiosiomis mokyklomis, Gelgaudiškio vaikų darželiu ,,Eglutė", Šakių dziudo
klubu ,,Audra", asociacija Gelgaudiškio bendruomenės centru ,,Atgaiva", Šakių
rajono savivaldybės administracijos Vaikų teisių apsaugos skyriumi. Džiaugiamės
turėdami puikius draugus. Tai:
Šakių
socialinės paramos skyrius
Šakių Vaiko
teisių apsaugos tarnyba
UAB Uriga